1973 m. rugsėjo 1 d. Žemaičių mikrorajone, Beržų g. Nr. 37, duris atvėrė Panevėžio 10-oji vidurinė mokykla. Jai vadovauti pradėjo direktorius Bronius Ciemnolonskis. Tuo metu dirbo 40 kvalifikuotų pedagogų. Mokėsi I–IX klasės ir buvo dirbama viena pamaina. Mokykloje veikė 25–28 būreliai, vyko poilsio vakarai, paskutinio skambučio šventės. 1976 m. buvo įkurtas interklubas „Linas", kuris palaikė draugiškus ryšius su Latvijos moksleiviais.
1975–1976 m. m. jau mokėsi 1421 mokinys ir dirbo 69 mokytojai. Tais mokslo metais mokykla išleido pirmąją abiturientų laidą.
1978–1979 m. m. mokėsi daugiausia mokinių — 1748. Mokykla buvo viena didžiausių mieste ir dirbo dviem pamainomis. Jai vadovavo direktorius Antanas Donskis.
1989 m. sausio mėn. 10-ajai vidurinei mokyklai pradėjo vadovauti dabartinis mokyklos direktorius Stanislovas Ambrazaitis. Jam vadovaujant 1992–1996 metais 10-oji vidurinė mokykla buvo kapitališkai suremontuota ir atnaujinta. 1995 m. rugsėjo mėnesį mokykloje įrengta skaitykla, logopedo kabinetas, 1996 m. duris atvėrė naujas mokyklos bufetas, choreografijos ir sporto salė pradinių klasių mokiniams.
Nuo 1997 m. mokykla įsitraukė į tarptautinį vaikų ugdymo projektą „Step by step". Jame dalyvauja daugelis Vidurio ir Rytų Europos šalių ugdymo įstaigų. Pirmoji pagal šį projektą su pradinukais pradėjo dirbti mokytoja J. Vaitkevičienė. O nuo 2000 m. tokių klasių jau buvo keturios.
Nuo 2001 m. rugsėjo 1 d. mokykla reorganizuota į pagrindinę mokyklą ir vadinama Panevėžio Skaistakalnio pagrindine mokykla.
2002–2003 m. m. mokykloje buvo sukomplektuotos 43 klasės, iš jų 17 pradinių. Mokėsi 1017 moksleivių. Mokykloje dirbo 76 pedagogai. Mokykla vis dar dirbo dviem pamainomis. Pradinių klasių mokiniams buvo sudarytos sąlygos nuo 2-osios klasės mokytis užsienio kalbų. Nuo 5-osios klasės buvo pagilintai mokoma vokiečių kalbos.
2003–2004 m. m. mokykla pradėjo dirbti viena pamaina. Buvo sukomplektuotos 39 klasės, iš jų 14 pradinių. Mokykloje dirbo 66 pedagogai.
2004 metais mokykla pradėjo dalyvauti sveikatą stiprinančių mokyklų projekte. Tų pačių metų balandžio mėnesį už aktyvią veiklą projekte Skaistakalnio pagrindinė mokykla buvo įtraukta į Lietuvos sveikatą stiprinančių mokyklų tinklą.
2004–2005 m. m. mokykla įsitraukė į tarptautinio Aplinkosauginio švietimo fondo (FEE) gamtosauginių mokyklų programą. Visai gamtosauginei veiklai mokykloje vadovauja ir ją koordinuoja geografijos mokytoja J. Ablėnė. 2005 metų balandžio mėnesį Skaistakalnio mokykla už pasiekimus darnaus vystymosi švietimo srityje ir kryptingą mokyklos bei visuomenės aplinkosauginio vaidmens stiprinimą bei gamtosauginės veiklos plėtojimą buvo apdovanota tarptautinės Gamtosauginių mokyklų programos dalyvio sertifikatu ir Žaliąja vėliava. Ši veikla mūsų mokykloje tęsiama ir plėtojama toliau. Šiuo metu mokykla jau turi keturis tarptautinius Gamtosauginių mokyklų programos pažymėjimus ir keturias Žaliąsias vėliavas.
2009 metais Skaistakalnio mokykloje atlikta viešosios paskirties pastatų renovacijos programa. Pagal šią programą mokykloje atlikta daug darbų: pakeisti mokyklos langai, apšiltintos sienos, pakeistas ir apšiltintas mokyklos stogas, renovuotas šilumos mazgas, visoje mokykloje pakeisti radiatoriai, kapitališkai suremontuota sporto salė, persirengimo kambariai, visi mokyklos tualetai, visose klasėse ir kabinetuose sumontuoti nauji šviestuvai, įrengta ir sumontuota patalpų vėdinimo–ventiliacijos sistema, įrengta apsauginė bei priešgaisrinė signalizacijos. Ši programa buvo finansuojama iš Europos Sąjungos struktūrinių fondų bei LR Vyriausybės ir Panevėžio miesto savivaldybės lėšomis. Projekto tikslas – atnaujinant viešuosius pastatus padidinti jų energinį efektyvumą.
2014–2015 m. m. mokykla įsitraukė į tarptautinį projektą „Mažiau šiukšlių". Metų pabaigoje gavome 10-ąjį tarptautinį sertifikatą ir 10-ąją Žaliąją vėliavą už dalyvavimą tarptautinėje Gamtosauginių mokyklų programoje.
2017 metai mokyklai buvo svarbūs kaip permainų metai. Panevėžio miesto savivaldybės sprendimu Skaistakalnio pagrindinė mokykla pakeitė ne tik savo statusą, bet ir pavadinimą. Nuo 2017 m. rugsėjo 1 d. mokykla pavadinta Panevėžio Beržų progimnazija.
